Stadshotellet grundades år 1899 i den s.k. Fontellska gården vid Kanalesplanaden Gården hade uppförts år 1805 av provinsialläkaren Kurtén.
Senare kom gården att ägas av sjökapten S.W. Fontell och därför har gården också kallats Fontellska gården. Under åren 1811 – 1815 bodde bl.a. familjen Runeberg här. Sonen Johan Ludvig blev senare Finlands nationalskald.
Stadshotellets första restauratör var Emil Höglund. Han lät år 1908 bygga till hotellet med en trevånings stenbyggnad längs Kanalesplanaden. Byggnaden planerades av arkitekt Wanter Thomé och kom att innefatta en stor restaurang och matsal i jugendstil. Senare har byggnaden moderniserats och påbyggts med en våning. Under 1930-talet fortsatte tillbyggnaden och hotellet moderniserades med ny inredning i funkisstil.
I slutet av 1940-talet upplevde staden ett uppsving inom näringslivet vilket krävde en utbyggnad av hotellkapaciteten i staden. Utbyggnaden fortsatte nu norrut längs Alholmsgatan. Planeraren för detta nybygge var byggmästare K.J. Ahlskog. Hotellet fick nu också en modern ingång och reception mot Alholmsgatan. Under en lång tid ägdes Stadshotellet av ett bolag som ägdes av de största industrierna i staden och det är under 1950- och 1960-talet som hotellet haft sina glansdagar.
I mitten av 1980-talet revs den gamla delen av Stadshotellet, den s.k. Fontellska gården. Den rivna delen ersattes med en fasad mot Kanalesplanaden som liknande den gamla byggnaden, men med en modern insida. I och med denna renovering flyttades huvudentrén och receptionen tillfälligt tillbaka hit till originalplatsen och sedan 1997 är detta också var du nu hittar hotellets huvudingång.
Under 2020 delades Stadshotellet upp. Nya renoverade sidan med 68 rum går under namnet Stadshotellet, den gamla sidan med 30 rum heter nu Comfort Guesthouse.
Idag är Stadshotellet i Jakobstad privatägt och det äldsta hotellet i Finland som fortfarande använder namnet Stadshotell.
